O Departamento de Gestão Interfederativa e Participativa (DGIP) foi instituído em julho de 2003, por meio do Decreto nº 4.726, como um órgão da Secretaria-Executiva (SE). Atualmente o departamento é responsável em propor normas e desenvolver estratégias para fortalecer e aprimorar a gestão compartilhada e a governança no SUS, e também por articular, integrar e promover atividades e ações de cooperação entre os gestores do SUS e suas entidades representativas, além de promover articulação com os Conselhos de Saúde.
Entre suas inúmeras competências estão também o planejamento integrado das Superintendências Estaduais do Ministério da Saúde e o apoio técnico e administrativo à Comissão Intergestores Tripartite.
Na sua estrutura organizacional, definidas pelo Decreto nº 11.098, de 20 de junho de 2022, o departamento possui três coordenações-gerais; duas secretarias-executivas e as Superintendências estaduais do Ministério da Saúde, conforme o organograma abaixo.
O DGIP é encarregado por articular e realizar ações relacionadas à Gestão e Governança no SUS, subsidiando e conectando as instâncias municipais, estaduais e federal para realizarem os seus respectivos trabalhos.