Tradicionalmente reconhecida como instituição especializada nas ciências da saúde, a Unifesp é responsável pela formação de recursos humanos qualificados e pelo desenvolvimento da pesquisa científica em saúde. Seu núcleo de origem é a Escola Paulista de Medicina, cuja fundação remonta a 1933 e que se sustentou por meio de recursos privados e subsídios governamentais até a federalização em 1956. Com a promulgação da lei n.º 8.957, em 1994, a EPM transformou-se em universidade federal, mantendo os cursos ministrados nas áreas de Medicina, Enfermagem, Ciências Biológicas (modalidade médica), Fonoaudiologia e Tecnologia Oftálmica – que hoje integra as Tecnologias em Saúde. 

A partir de 2005, com o apoio das prefeituras locais e os recursos provenientes do programa de expansão do governo federal, a Unifesp implantou novas unidades em municípios próximos a São Paulo. Os novos campi – denominados Baixada Santista, Diadema, Guarulhos, São José dos Campos e Osasco – assumiram a responsabilidade pela organização de áreas do conhecimento que incluem, entre outras, as ciências exatas, humanas, ambientais e sociais aplicadas.

A caminho da consolidação como universidade plena, a Unifesp ampliou seu quadro docente mediante a admissão de profissionais com titulação mínima de doutorado e passou a oferecer novos cursos de graduação, que se fundamentam em modernos projetos pedagógicos e permitem maior flexibilidade curricular.

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