Conforme previsto no artigo 6º da Lei nº 9.140/1995, com a redação introduzida pela Lei nº 10.875/2004, a Comissão Especial sobre Mortos e Desaparecidos Políticos funciona junto à Secretaria Especial dos Direitos Humanos da Presidência da República, que lhe dará o apoio necessário.