Até o exercício de 1986, o Governo Federal convivia com uma série de problemas de natureza administrativa que dificultavam a adequada gestão dos recursos públicos e a preparação do orçamento unificado, que passaria a vigorar em 1987:

• Emprego de métodos rudimentares e inadequados de trabalho, onde, na maioria dos casos, os controles de disponibilidades orçamentárias e financeiras eram exercidos sobre registros manuais;
• Falta de informações gerenciais em todos os níveis da Administração Pública e utilização da Contabilidade como mero instrumento de registros formais;
• Defasagem na escrituração contábil de pelo menos, 45 dias entre o encerramento do mês e o levantamento das demonstrações Orçamentárias, Financeiras e Patrimoniais, inviabilizando o uso das informações para fins gerenciais;
• Inconsistência dos dados utilizados em razão da diversidade de fontes de informações e das várias interpretações sobre cada conceito, comprometendo o processo de tomada de decisões;
• Despreparo técnico de parte do funcionalismo público, que desconhecia técnicas mais modernas de administração financeira e ainda concebia a contabilidade como mera ferramenta para o atendimento de aspectos formais da gestão dos recursos públicos;
• Inexistência de mecanismos eficientes que pudessem evitar o desvio de recursos públicos e permitissem a atribuição de responsabilidades aos maus gestores;
• Estoque ocioso de moeda dificultando a administração de caixa, decorrente da existência de inúmeras contas bancárias, no âmbito do Governo Federal. Em cada Unidade havia uma conta bancária para cada despesa. Exemplo: Conta Bancária para Material Permanente, Conta bancária para Pessoal, conta bancária para Material de Consumo, etc. 

A solução desses problemas representava um verdadeiro desafio à época para o Governo Federal. O primeiro passo para isso foi dado com a criação da Secretaria do Tesouro Nacional - STN, em 10 de março de 1986., para auxiliar o Ministério da Fazenda na execução de um orçamento unificado a partir do exercício seguinte. 

A STN, por sua vez, identificou a necessidade de informações que permitissem aos gestores agilizar o processo decisório, tendo sido essas informações qualificadas, à época, de gerenciais. Dessa forma, optou-se pelo desenvolvimento e implantação de um sistema informatizado, que integrasse os sistemas de programação financeira, de execução orçamentária e de controle interno do Poder Executivo e que pudesse fornecer informações gerenciais, confiáveis e precisas para todos os níveis da Administração. 

Desse modo, a STN definiu e desenvolveu, em conjunto com o SERPRO, o Sistema Integrado de Administração Financeira do Governo Federal – SIAFI em menos de um ano, implantando-o em janeiro de 1987, para suprir o Governo Federal de um instrumento moderno e eficaz no controle e acompanhamento dos gastos públicos. 

Com o SIAFI, os problemas de administração dos recursos públicos que apontamos acima ficaram solucionados. Hoje o Governo Federal tem uma Conta Única para gerir, de onde todas as saídas de dinheiro ocorrem com o registro de sua aplicação e do servidor público que a efetuou. Trata-se de uma ferramenta poderosa para executar, acompanhar e controlar com eficiência e eficácia a correta utilização dos recursos da União.

Vantagens

O SIAFI representou tão grande avanço para a contabilidade pública da União que hoje é reconhecido no mundo inteiro e recomendado inclusive pelo Fundo Monetário Internacional. Sua performance transcendeu as fronteiras brasileiras e despertou a atenção no cenário nacional e internacional.

Vários países, além de alguns organismos internacionais, têm enviado delegações à Secretaria do Tesouro Nacional, com o propósito de absorver tecnologia para a implantação de sistemas similares. 

Veja os ganhos que a implantação do SIAFI trouxe para a Administração Pública Federal:

• Contabilidade: o gestor ganha rapidez na informação, qualidade e precisão em seu trabalho; 
• Finanças: agilização da programação financeira, otimizando a utilização dos recursos do Tesouro Nacional, por meio da unificação dos recursos de caixa do Governo Federal na Conta Única no Banco Central;
• Orçamento: a execução orçamentária passou a ser realizada dentro do prazo e com transparência, completamente integrada a execução patrimonial e financeira;
• Visão clara de quantos e quais são os gestores que executam o orçamento: são mais de 4.000 gestores cadastrados, que executam seus gastos através do sistema de forma "on-line";
• Desconto na fonte de impostos: no momento do pagamento, já é recolhido o imposto devido;
• Auditoria: facilidade na apuração de irregularidades com o dinheiro público;
• Transparência: detalhamento total do emprego dos gastos públicos disponível em relatórios publicados no site. 
• Fim da multiplicidade de contas bancárias: os números da época indicavam 3.700 contas bancárias e o registro de aproximadamente 9.000 documentos por dia. Com a implantação do SIAFI, constatou-se que existiam em torno de 12.000 contas bancárias e se registravam em média 33.000 documentos diariamente. Hoje, 98% dos pagamentos são identificados de modo instantâneo na Conta Única e 2% deles com uma defasagem de, no máximo, cinco dias.

• Sistema centralizado, o que permite a padronização de métodos e rotinas de trabalho;
• Utilização por todos os órgãos da Administração Direta (poderes Executivo, Legislativo e Judiciário) e em todo o território nacional;;
• Utilização por grande parte da Administração Indireta; e
• Integração periódica dos saldos contábeis das entidades que ainda não utilizam o SIAFI, para efeito de consolidação das informações econômico-financeiras do Governo Federal - à exceção das Sociedades de Economia Mista, que têm registrada apenas a participação acionária do Governo - e para proporcionar transparência sobre o total dos recursos movimentados.

Em 2011, foi executado O Projeto Novo SIAFI, que teve como objetivo promover a reconstrução e a migração gradual do Sistema Integrado de Administração Orçamentária e Financeira do Governo Federal - SIAFI -para uma plataforma tecnológica mais moderna, flexível e econômica, permitindo evoluções que venham a contribuir para a transparência e a eficiência na gestão orçamentária e financeira.

A primeira versão do SIAFI WEB entrou no ar no dia 02 de janeiro de 2012. A aplicação consiste no primeiro produto do projeto Novo SIAFI, que está estruturado em fases e prevê a convivência do SIAFI Operacional e do novo SIAFI. As funcionalidades serão migradas gradualmente para a versão web do sistema, até que o SIAFI Operacional seja totalmente descontinuado

A primeira versão contempla o módulo CPR – Contas a Pagar e Receber. A partir da entrada em produção, o usuário SIAFI passará a fazer todos os registros relacionados ao CPR no novo SIAFI, destacando-se pagamentos (normais e suprimentos de fundos), reclassificação de despesa, estorno de despesas após recebimento de GRU, registros patrimoniais, entre outros.

Além da migração gradual do sistema, o projeto prevê ainda adequar os sistemas do complexo SIAFI aos padrões de interoperabilidade do Governo Federal (e-ping), promovendo uma interface única para integração entre sistemas e layout padronizado para as extrações de arquivos e submissão batch.