Programa Prioritário é o conjunto de projetos voltado ao desenvolvimento da ciência, tecnologia e inovação considerado pelo Comitê das Atividades de Pesquisa e Desenvolvimento na Amazônia (CAPDA) de grande relevância para o desenvolvimento regional;

Caberá ao CAPDA definir, a cada 5 (cinco) anos, quais áreas temáticas serão consideradas para a seleção de programas prioritários, considerando a importância dos setores para a geração de emprego e renda na Região Amazônica Brasileira e para o desenvolvimento sustentável, ambiental, econômico e social do País.

Os Programas Prioritário atuais são os definidos na Resolução CAPDA nº 9, de 29 de outubro de 2019.