O CNDH atua com 12 comissões permanentes e três comissões especiais, coordenadas por conselheiros e conselheiras titulares e compostas por integrantes do Conselho que têm afinidade com a temática da comissão, além de representantes de entidades da sociedade civil e de órgãos públicos e profissionais especializados.

As comissões, que se reúnem periodicamente, são:

1.           Comissão Permanente dos Direitos da População em Situação de Rua;

2.           Comissão Permanente dos Direitos da População em Situação de Privação de Liberdade;

3.           Comissão Permanente do Direito à Comunicação e à Liberdade de Expressão;

4.           Comissão Permanente de Defensores e Defensoras de Direitos Humanos e Enfrentamento da Criminalização dos Movimentos Sociais;

5.           Comissão Permanente do Direito à Cidade;

6.           Comissão Permanente do Direito Humano à Alimentação Adequada;

7.           Comissão Permanente dos Direitos dos Povos Indígenas, dos Quilombolas, dos Povos e Comunidades Tradicionais, de Populações Afetadas por Grandes Empreendimentos e dos Trabalhadores e Trabalhadoras Rurais Envolvidos em Conflitos Fundiários;

8.           Comissão Permanente do Direito ao Trabalho, à Educação e à Seguridade Social;

9.           Comissão Permanente de Monitoramento e Ações na Implementação das Obrigações Internacionais em Matéria de Direitos Humanos;

10.         Comissão Permanente de Promoção e Defesa dos Direitos das Mulheres, da População LGBTI (Lésbicas, Gays, Bissexuais, Travestis, Transexuais e Intersexos), Promoção da Igualdade Racial e Enfrentamento ao Racismo;

11.          Comissão Permanente de Litigância Estratégica;

12.          Comissão Permanente de Segurança Pública e Direitos Humanos;

13.          Comissão Especial para Revisão do Regimento Interno;

14.          Comissão Especial sobre Direitos Humanos e Pandemia;

15.          Comissão Especial de Participação Social.

Subcomissões e Grupos de Trabalho

Atuam também no âmbito das comissões permanentes do CNDH, subcomissões e grupos de trabalho com atribuições e objetos mais específicos. As subcomissões e grupos de trabalho em atuação atualmente são:

1.            Subcomissão Permanente de Política de Drogas e Saúde Mental;

2.            Grupo de Trabalho sobre o Serviço de Avaliação e Acompanhamento e Medidas Terapêuticas Aplicáveis à Pessoa com Transtorno Mental em Conflito com a Lei (EAP);

3.            Grupo Referência do Pacto Nacional dos Conselhos de Direitos Humanos;

4.            Grupo de Trabalho para Elaborar e Monitorar um Plano de Enfrentamento da Covid-19 para os Povos Indígenas Brasileiros;

5.            Grupo de Trabalho sobre Direitos Humanos e Enfrentamento da Violência Política na Internet.

6.            Grupo de Trabalho sobre Proteção aos Direitos de Pessoas e Populações Deslocadas;

7.            Grupo de Trabalho referente à Recomendação nº 18/2020 do CNDH, quanto à interlocução com instituições, órgãos e entidades do sistema de justiça, das esferas administrativas do sistema penitenciário, visando concretizar os direitos dos indígenas relacionados na Resolução nº 287/2019 do Conselho Nacional de Justiça e respectivo manual de orientação.