O Proagro foi criado pela Lei 5.969/1973 (revogado pela Lei nº 12.058, de 13 de outubro de 2009) e regido pela Lei Agrícola 8.171/1991, ambas regulamentadas pelo Decreto 175/1991. Suas normas são aprovadas pelo Conselho Monetário Nacional - CMN e codificadas no Manual de Crédito Rural (MCR-12), que é divulgado pelo Banco Central do Brasil. É um programa que garante ao produtor rural os recursos financeiros para quitar dívidas adquiridas junto ao banco (crédito de custeio agrícola), caso ocorra perda na lavoura. A Comissão Especial de Recursos – CER, órgão específico diretamente subordinado ao Ministro de Estado da Agricultura, Pecuária e Abastecimento, tem por competência decidir por meio de seu Colegiado, em única instância recursal administrativa, sobre pedidos de apuração de prejuízos e respectivas indenizações, no âmbito do Programa de Garantia de Atividade Agropecuária – PROAGRO, visando exonerar o produtor rural de obrigações financeiras relativas a operações de crédito rural de custeio, cuja liquidação seja dificultada pela ocorrência de fenômenos naturais, pragas e doenças que atinjam bens, rebanhos e plantações, bem como indenizar recursos próprios utilizados pelo agricultor, conforme previsto na Lei nº 8.171/91, artigos 59 a 66-A, no Decreto nº 175/91 e nas normas aprovadas pelo Conselho Monetário Nacional, em vigor na data da contratação do empréstimo de custeio agrícola, codificadas no Manual de Crédito Rural – MCR 16, divulgado em Resolução do Banco Central do Brasil.Operado por instituições financeiras credenciadas a operar com crédito rural (Banco do Brasil, Sicredi, Cresol...); O Proagro é custeado por recursos alocados pela União e dos provenientes da contribuição que o produtor rural paga (o adicional ou prêmio do Proagro); O colegiado é composto conforme o Decreto nº 10.124/2019, composto pelos membros: dois do MAPA (MAPA e SPA-MAPA), dois do Ministério da Economia (ME e SPE-ME) e Banco Central.