Artistas importantes da fotografia brasileira estão representados na coleção de fotografia. A doação de um pequeno conjunto de obras de Manfredo de Souzanetto pela Funarte, em 1983, marca o inicio da formação deste acervo. O caráter eclético e contemporâneo da coleção transparece a partir de trabalhos fotográficos ora mais convencionais, ora mais inusitados que a compõem.
No entanto, mesmo integrada por nomes expressivos da fotografia, dado o seu número reduzido de 106 obras, ainda se trata de uma coleção embrionária. Este conjunto é basicamente fruto do esforço de relacionamento entre o Museu e os artistas, em períodos mais recentes, trabalho esse que se quer contínuo, de modo a incrementar a coleção.
Levando-se em conta a longa história da instituição e do restante de seu acervo, é uma coleção que emerge discretamente, mas que conta com a presença de obras de César Barreto, Joaquim Paiva e Pedro Vasquez.
