À Coordenação-Geral de Substâncias Químicas compete definir as estratégias de implementação de programas, projetos e diretrizes relacionados com a segurança química; a redução dos riscos associados às substâncias químicas e aos produtos perigosos; formular, propor e promover a implementação de políticas de gestão ambientalmente adequadas de substâncias químicas; propor, apoiar e incentivar iniciativas, estratégias e ações de segurança química; acompanhar e coordenar, no âmbito de suas competências, as negociações e a implementação dos acordos internacionais, em articulação com o Ministério das Relações Exteriores.