Participam das negociações comerciais do Brasil, principalmente, o Ministério do Desenvolvimento, Indústria, Comércio e Serviços, o Ministério das Relações Exteriores e o Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento. A negociação de acordos comerciais pode demandar, ainda, a participação de outros órgãos do governo de acordo com sua competência para tratar dos diversos temas abordados, como o Banco Central, nas questões relativas a Transações Correntes e Movimento de Capitais; o Ministério do Meio Ambiente, nas questões relativas a Desenvolvimento Sustentável; o Ministério da Justiça, nas questões relacionadas à Concorrência etc.