Na 3ª Reunião Plenária do CCT no dia 15 de dezembro de 2003, a Comissão de Sistemas de Inovação Tecnológica, vinculada ao CCT, discutiu a necessidade de aprovação da Lei da Inovação. O CCT coordenou debates técnicos para identificar barreiras à inovação. Além disso, o Conselho contribuiu para o desenho de incentivos fiscais e a regulamentação de parcerias público-privadas.

Lei da Inovação (Lei nº 10.973/2004)

Em 15 de dezembro de 2003, em uma comissão de articulação e acompanhamento, o CCT discutiu sobre a descentralização e o desbloqueio dos recursos acumulados (1999-2003) dos Fundos Setoriais e seu integral repasse. O CCT também acompanha a implementação dos fundos, recomendando prioridades e orientando sobre sua aplicação em áreas críticas

Lei dos Fundos Setoriais (Lei nº 11.540/2007)