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Desenvolve pesquisas nas áreas de conservação da biodiversidade, manejo de recursos e desenvolvimento sustentável. Existem oito grupos de pesquisa, que reúnem pesquisadores, estudantes e pessoal de apoio técnico organizados em torno das linhas de pesquisa. O Instituto realiza suas operações em duas reservas: Amanã e Mamirauá. Suas atividades visam à consecução dos seguintes objetivos, entre outros: a promoção do desenvolvimento sustentável da região, conjuntamente às suas populações locais; apoiar entidades públicas e/ou privadas e com elas cooperar, em caso de seus objetivos de preservação e sustentabilidade ambiental coincidirem; elaborar programas educacionais que observem as suas particularidades ambientais.
O IDSM tem sua missão, objetivos e atribuições – entre outros – dispostos em seu Estatuto Social, bem como regulamentos referentes à aquisição de bens e serviços, à gestão dos recursos financeiros e à gestão de recursos humanos foram aprovados pelo seu Conselho de Administração.
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