O Herbário INPA foi a primeira coleção a ser criada, juntamente com o Instituto em julho de 1954. Atualmente conta com mais de 217.000 registros, dentre eles cerca de 1.300 typus nomenclaturais, uma coleção de mais de 25.000 fototipos além das coleções associadas: Carpoteca, com cerca de 2.500 frutos e Xiloteca, representada por 10.445 amostras de madeira. Pertence à categoria de Herbário Regional e, como tal, cerca de 90% de seu acervo é composto por representantes da flora Amazônica Brasileira e de outros países da bacia Amazônica, representando a maior coleção de plantas da Amazônia e o quinto maior herbário brasileiro. Os dados do Herbário INPA foram informatizados através do Programa BRAHMS (Botanical Research And Herbarium Management System), desenvolvido pelo Dr. Denis Filer, da Universidade de Oxford, Inglaterra.