Bioinformática
A plataforma multiusuário de bioinformática do INCA conta com uma infraestrutura de computação de alto desempenho para apoiar projetos de pesquisa que envolvam técnicas de bioinformática para análise de dados de biologia molecular, genômica e proteômica.
Nosso cluster para computação de alto desempenho (High Performance Computing Cluster - HPCC) nomeado Crab (HPCC-Crab) é utilizado por pesquisadores, alunos e colaboradores do INCA no desenvolvimento de seus projetos. Em 2018 essa plataforma foi extendida, com a aquisição de novos equipamentos Dell Technologies através do suporte da FINEP. A plataforma também mantém um servidor dedicado para desenvolvimento no ambiente R-Studio em interface WEB e um computador SGI dedicado a projetos que requeiram alta capacidade de computação combinada com uso intenso de memória RAM.
Responsável pela plataforma:
Nicole de Miranda Scherer (Lattes)
Tecnologista
Email: nscherer@inca.gov.br
Telefone: +55 21 32076546
Lista de equipamentos:
- HPC cluster: solução completa de computação de alto desempenho, habilitada para executar diversas aplicações de bioinformática. São 40 unidades de processamento, que podem ser usadas em cluster para processos paralelos MPI, e uma unidade de alta capacidade de processamento.
- Servidor dedicado ao desenvolvimento de análises em IDE.
- Super computador SGI, usado prioritariamente tarefas com alta demanda de memória e processamento.
Utilização:
Para ter acesso aos recursos da plataforma, os pesquisadores devem solicitar o cadastramento de projetos e usuários por email para contatohpc@inca.gov.br.
Instruções para acesso a dados do TCGA
Instruções para cadastro na plataforma
Localização:
Instituto Nacional de Câncer
Coordenação de Pesquisa e Inovação
Rua André Cavalcanti, 37, 1º andar
Centro, Rio de Janeiro
CEP: 20231-050