A estrutura regimental do Instituto Evandro Chagas está definida pelo Decreto nº 11.798, de 28 de novembro de 2023 que aprova a Estrutura Regimental e o Quadro Demonstrativo dos Cargos em Comissão e das Funções de Confiança do Ministério da Saúde e remaneja cargos em comissão e funções de confiança, assim como as suas competências e alterado pelo Decreto nº 12.036, de 28 de Maio de 2024, e destacados no apostilamento do Boletim de Serviço do Ministério da Saúde nº 69/2024, referente ao Decreto n° 12.036, de 28 de maio de 2024 (que altera o Decreto n° 11.798/2023) com a nova estrutura organizacional deste Ministério.

A portaria GM/MS 1.674 em dia 26 de julho de 2021, reconhece o Instituto Evandro Chagas Como Instituição de Ciência, Tecnologia e Inovação nos termos do art. 16 da Lei nº 10.973, de 2004.