Quem já é MEI e se aposenta por invalidez deve dar baixa em seu CNPJ?

Sim. A concessão da aposentadoria por invalidez está condicionada ao afastamento da atividade como MEI. Dessa forma, assim que a aposentadoria por invalidez for concedida é preciso que a pessoa dê baixa em seu CNPJ, uma vez que a inscrição ativa indica a continuidade da atividade remunerada.