Quem está recebendo salário-maternidade decorrente de vínculo CLT, caso se inscreva como MEI, perderá o benefício?

Sim. A percepção do salário-maternidade está condicionada ao afastamento da atividade desempenhada, sob pena de suspensão do benefício.

Portanto, a formalização como MEI, e o respectivo exercício dessa atividade, poderá causar a suspensão do salário-maternidade.