Sim, poderão ser realizadas fiscalizações a qualquer momento. Ao se inscrever como MEI, há dispensa de obter alvará e licença de funcionamento para iniciar suas atividades, mas permanecem as obrigações de cumprir todos os requisitos legais estabelecidos pelo Poder Público para o exercício de suas atividades.
Assim, poderão ocorrer fiscalizações relacionadas a questões trabalhistas, sanitárias, ambientais, metrológicas, de consumo, de segurança contra incêndio e quanto ao uso e ocupação do solo, sendo estas obrigatoriamente orientadoras na primeira visita, conforme prevê o artigo 55 da Lei Complementar 123/2006.
Poderão ocorrer ainda fiscalizações da Secretaria da Receita Federal, das Secretarias de Fazenda dos Estados e das Secretarias Municipais de Finanças quanto ao cumprimento das obrigações fiscais.