Sim, poderão ser realizadas fiscalizações a qualquer momento. Ao se inscrever, o MEI está dispensado de alvará ou licença de funcionamento para iniciar suas atividades, mediante preenchimento do Termo de Ciência e Responsabilidade com Efeito de Dispensa de Alvará e Licença de Funcionamento, o qual consta do CCMEI. Porém, permanece obrigado a cumprir todos requisitos legais estabelecidos pelo Poder Público para o exercício de suas atividades.
Assim, poderão ocorrer fiscalizações relacionadas a questões trabalhistas, sanitárias, ambientais, metrológicas, de segurança contra incêndio e quanto ao uso e ocupação do solo, sendo estas obrigatoriamente orientadoras na primeira visita, conforme prevê o artigo 55 da Lei Complementar 123/2006.
Poderão ocorrer ainda fiscalizadas da Secretaria da Receita Federal, das Secretarias de Fazenda dos Estados e das Secretarias Municipais de Finanças quanto ao cumprimento das obrigações fiscais.