A formalização do MEI é gratuita. Conforme prevê a Lei Complementar 123/206, o MEI está isento de qualquer custo de abertura e registro da empresa.
Todavia, após a formalização é necessário o pagamento mensal dos tributos de R$ 70,60 (INSS), para MEI da Tabela A (anexo XI) acrescido de R$ 5,00 (para Prestadores de Serviço) ou R$ 1,00 (para Comércio e Indústria). Já para MEI transportador autônomo de carga da Tabela B (anexo XI) o pagamento mensal dos tributos é de R$ 169,44 (INSS) acrescido de R$ 5,00 (para Prestadores de Serviço).
O pagamento pode ser realizado por meio do DAS (carnê) emitido através do Portal do Empreendedor, inclusive com a opção de pagamento por PIX, ou pela opção de Débito automático e Pagamento online.