A estrutura de governança do SinBiose foi concebida para garantir a qualidade científica de seus produtos, eficiência de operação e, sobretudo, visando abreviar as distâncias entre a ciência e tomada de decisão.
O Comitê Consultivo é responsável pela visão mais ampla do Centro. O seu olhar deve envolver as perspectivas da comunidade científica, dos financiadores, do governo e da sociedade representada. Tem a função de atuar como interface entre o SinBiose e a sociedade, captando as demandas e oportunidades, e auxiliando a direcionar o Centro para atuar em sintonia com as demandas, levando a produtos de impacto social relevante.
O Comitê Executivo é a instância decisória e operacional com a função de traduzir as propostas e ideias em ações concretas e efetivas, delineando parcerias e formas de atuação.
O Comitê Científico representa a perspectiva dacomunidade científica nacional. Composto por cientistas senioresdas cinco regiões do país, provê assessoria científica às demais instâncias do SinBiose.
A Gerência de Projetos atua promovendo o bom funcionamento do SinBiose no dia-a-dia. Sua função é facilitar a articulação entre as entidades parceiras e as diversas instâncias que compõem a estrutura de governança do SinBiose, bem como garantir as condições para o plenodesenvolvimento das atividades do SinBiose.