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O Prêmio CAPES de Tese reconhece os melhores trabalhos de conclusão de doutorado defendidos em programas de pós-graduação brasileiros de acordo com os seguintes critérios: originalidade do trabalho, relevância para o desenvolvimento científico, tecnológico, cultural, social e de inovação e o valor agregado pelo sistema educacional ao candidato.
Criado em 2005 e entregue pela primeira vez em 2006, ele abrange todas as áreas de conhecimento que têm um representante na avaliação da pós-graduação stricto sensu. Um dos objetivos da iniciativa é aumentar a visibilidade das ações positivas e indutoras da CAPES na pós-graduação brasileira.