O Sistema de Avaliação desenvolvido pela CAPES pode ser dividido em dois processos distintos que se referem à entrada e permanência dos cursos de mestrado profissional (MP), doutorado profissional (DP), mestrado acadêmico (ME) e doutorado acadêmico (DO) no SNPG:

Ambos os processos são conduzidos com base nos mesmos fundamentos:
- Reconhecimento e Confiabilidade fundados na qualidade assegurada pela análise dos pares;
- Critérios debatidos e atualizados pela comunidade acadêmico-científica a cada período avaliativo;
- Transparência firmada na ampla divulgação das decisões, ações e resultados:
- no site da CAPES;
- nas páginas das áreas de avaliação.
A Avaliação Quadrienal é parte do processo de Permanência, e é realizada em 50 áreas de avaliação, número vigente em 2025, seguindo sistemática e conjunto de quesitos básicos estabelecidos no Conselho Técnico Científico da Educação Superior (
CTC-ES), seguindo o seguinte fluxo:

Os resultados da avaliação periódica de programas de pós-graduação são expressos em notas, numa escala de 1 a 7, que são atribuídas aos mestrados e doutorados após análise dos indicadores referentes ao período avaliado. Esta análise é conduzida nas comissões de área de avaliação e, posteriormente, no CTC-ES, que homologa os resultados finais. São estes resultados que fundamentam a deliberação do Conselho Nacional de Educação - CNE/MEC sobre quais cursos obterão a renovação de reconhecimento para a continuidade de funcionamento no período subsequente.