A legislação que versa sobre a institucionalização e operacionalização da Compensação Financeira e royalties de Itaipu Binacional abrange leis federais, decretos e resoluções da Agência Nacional de Energia Elétrica (ANEEL) e portarias específicas do extinto Departamento Nacional de Águas e Energia Elétrica (DNAEE).

Em 28 de dezembro de 1989, o Congresso Nacional aprovou a Lei nº 7.990, instituindo a Compensação Financeira aos Estados, Distrito Federal e Municípios cujas áreas tenham sido afetadas ou venham ser afetadas por reservatórios de aproveitamentos hidrelétricos. Contudo, a forma de distribuir a Compensação Financeira aos Estados e Municípios abrangidos pelos aproveitamentos hidrelétricos não foi definida pela referida Lei, posto que os artigos que versam sobre a matéria foram vetados.

Em 9 de fevereiro de 1990, o Presidente da República enviou ao Congresso Nacional a Medida Provisória no 130, publicada no Diário Oficial de 12 de fevereiro de 1990, que definia os percentuais de distribuição da Compensação Financeira, incluindo percentuais para a distribuição dos royalties devidos pela Itaipu Binacional ao Governo Brasileiro. Decorridos 30 (trinta) dias da publicação da Medida Provisória, em 13 de março de 1990, foi sancionada a Lei nº 8.001, que estabeleceu, com algumas alterações, os percentuais de distribuição definitivos.

Em 11 de janeiro de 1991, o Presidente da República assinou o Decreto nº 1, que regulamentou a Lei nº 7.99/89 e a Lei nº 8.00/90, e estabeleceu a metodologia de cálculo para a distribuição dos recursos da Compensação Financeira e dos royalties de Itaipu. A publicação deste Decreto no Diário Oficial da União ocorreu no dia 14 de janeiro de 1991, marcando o início da implantação dos mecanismos de cobrança e distribuição dos recursos referenciados.

Ao longo dos últimos anos algumas alterações foram introduzidas, destacando-se as seguintes:

• A transferência da parcela destinada ao Departamento Nacional de Águas e Energia Elétrica (DNAEE) ao Ministério de Minas e Energia (MME) – art. 29 da Lei nº 9.984/00;
• A inclusão do Fundo Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (FNDCT), em substituição ao Ministério de Ciência e Tecnologia (MCT), beneficiário anterior, com destinação de pelo menos 30% da cota a projetos desenvolvidos por instituições de pesquisa sediadas nas regiões Norte, Nordeste e Centro-Oeste, incluindo as áreas das Superintendências Regionais - Lei nº 9.993/00; 
• Inclusão da parcela de 0,75% destinada ao MMA para aplicação na implementação da Política Nacional de Recursos Hídricos e no Sistema Nacional de Gerenciamento de Recursos Hídricos, recurso atualmente distribuído à Agência Nacional de Águas;
• A cobrança de juros de mora e multa por atraso de pagamento da Compensação Financeira pelos concessionários - Lei nº 9.993/00;
• A ampliação do percentual destinado aos estados, aos municípios e aos entes da União de 6% para 6,25% - Lei nº 13.360/16;
• A alteração dos percentuais alocados aos estados, de 45% para 25%, e aos municípios, de 45% para 65% - Lei nº 13.661/18.